با آشکار شدن علائم خونریزی در دستگاه گوارش حضرت امام خمینی(ره) در 28 اردیبهشت 1368، بیماری ایشان، حادتر شد و همزمان فعالیت‌های شبانه‌روزی تیم پزشکی ویژه برای مداوای آن بزرگوار آغاز گردید.
معظم‌له در 31 اردیبهشت، جهت انجام عمل جراحی، به بیمارستان انتقال یافتند.
پس از انجام این عمل جراحی، مجالس نیایش در مساجد سراسر کشور برای شفای ایشان برگزار شد و مردم برای سلامتی ایشان، دعا کردند.
در نهایت، در حالی که پزشکان، تلاش خود را برای بهبودی حضرت امام(ره) به کار بسته بودند، روح بلند ایشان در شامگاه 13 خرداد 68 به ملکوت اعلی پیوست.